flowchart TB
    subgraph " "
    v1["Channel.of"]
    v2["Channel.of"]
    v11["channel.fromSamplesheet"]
    v19["channel.fromSamplesheet"]
    v20["channel.fromSamplesheet"]
    v23["channel.fromSamplesheet"]
    v24["Channel.of"]
    v25["Channel.of"]
    v44["qname"]
    v74["qname"]
    v129["regions"]
    v130["targets"]
    v131["samples"]
    v138["bed"]
    v149["regions"]
    v150["targets"]
    v151["samples"]
    v160["regions"]
    v161["targets"]
    v162["samples"]
    v177["regions"]
    v178["targets"]
    v179["samples"]
    v182["program_file"]
    v189["Channel.of"]
    v191["Channel.of"]
    v193["Channel.of"]
    v261["model"]
    v275[" "]
    v276[" "]
    v288["Channel.of"]
    v326["save_mpileup"]
    v332["Channel.of"]
    v357[" "]
    v358["min_val_gl"]
    v359["min_val_dp"]
    v383["program_file"]
    v393["Channel.of"]
    v396["Channel.fromPath"]
    v399["ch_workflow_summary"]
    v403["ch_methods_description"]
    end
    subgraph PIPELINE_INITIALISATION
    v3([SAMTOOLS_FAIDX])
    v8(( ))
    end
    subgraph " "
    v4[" "]
    v5[" "]
    v16["files_ext"]
    v26["ch_genotype"]
    v39[" "]
    v46[" "]
    v47[" "]
    v48[" "]
    v49[" "]
    v50[" "]
    v54[" "]
    v55[" "]
    v76[" "]
    v77[" "]
    v78[" "]
    v79[" "]
    v80[" "]
    v84[" "]
    v85[" "]
    v93[" "]
    v94[" "]
    v95[" "]
    v96[" "]
    v98[" "]
    v99[" "]
    v116[" "]
    v126[" "]
    v135[" "]
    v140[" "]
    v141[" "]
    v142[" "]
    v143[" "]
    v144[" "]
    v156[" "]
    v167[" "]
    v171[" "]
    v184["posfile"]
    v214[" "]
    v227[" "]
    v244[" "]
    v257["chunks_glimpse1"]
    v267["chunks_glimpse2"]
    v278[" "]
    v279[" "]
    v280[" "]
    v284[" "]
    v294[" "]
    v300["ch_impute_output"]
    v308[" "]
    v328[" "]
    v338[" "]
    v385["stats"]
    v411[" "]
    v412[" "]
    v413[" "]
    v415["multiqc_report"]
    end
    subgraph NFCORE_PHASEIMPUTE
    subgraph PHASEIMPUTE
    subgraph BAM_REGION
    v45([SAMTOOLS_VIEW])
    v53([SAMTOOLS_INDEX])
    end
    subgraph BAM_DOWNSAMPLE
    v64([SAMTOOLS_COVERAGE])
    v75([SAMTOOLS_VIEW])
    v83([SAMTOOLS_INDEX_1])
    v92([SAMTOOLS_MERGE])
    v97([SAMTOOLS_INDEX_2])
    v58(( ))
    v88(( ))
    end
    subgraph VCF_CHR_CHECK
    v108([VCFCHRBFR])
    v107(( ))
    end
    subgraph VCF_NORMALIZE_BCFTOOLS
    v123([BCFTOOLS_NORM])
    v125([BCFTOOLS_INDEX_1])
    v132([BCFTOOLS_DEL_MLT_ALL])
    v134([BCFTOOLS_INDEX_2])
    v139([BCFTOOLS_CONVERT])
    v128(( ))
    end
    subgraph VCF_SITES_EXTRACT_BCFTOOLS
    v152([BCFTOOLS_VIEW])
    v155([BCFTOOLS_INDEX])
    v163([BCFTOOLS_QUERY])
    v166([TABIX_BGZIP])
    v170([TABIX_TABIX])
    end
    subgraph PREPARE_POSFILE_TSV
    v180([BCFTOOLS_QUERY])
    v183([GAWK])
    end
    subgraph VCF_PHASE_PANEL
    subgraph VCF_PHASE_SHAPEIT5
    v201([BEDTOOLS_MAKEWINDOWS])
    v210([SHAPEIT5_PHASECOMMON])
    v213([VCF_BCFTOOLS_INDEX_1])
    v223([SHAPEIT5_LIGATE])
    v226([VCF_BCFTOOLS_INDEX_2])
    v190(( ))
    v192(( ))
    v194(( ))
    v206(( ))
    end
    end
    subgraph CONCAT_PANEL
    v240([BCFTOOLS_CONCAT])
    v243([BCFTOOLS_INDEX])
    end
    subgraph VCF_CHUNK_GLIMPSE
    v251([GLIMPSE_CHUNK])
    v262([GLIMPSE2_CHUNK])
    v255(( ))
    v265(( ))
    end
    subgraph BAM_IMPUTE_QUILT
    v277([QUILT_QUILT])
    v283([BCFTOOLS_INDEX_1])
    v290([BCFTOOLS_ANNOTATE])
    v293([BCFTOOLS_INDEX_2])
    v102(( ))
    v287(( ))
    end
    subgraph CONCAT_QUILT
    v304([BCFTOOLS_CONCAT])
    v307([BCFTOOLS_INDEX])
    v297(( ))
    end
    subgraph GL_TRUTH
    v327([BCFTOOLS_MPILEUP])
    v334([BCFTOOLS_ANNOTATE])
    v337([BCFTOOLS_INDEX])
    v12(( ))
    v331(( ))
    end
    subgraph VCF_CONCORDANCE_GLIMPSE2
    v360([GLIMPSE2_CONCORDANCE])
    v375([GUNZIP])
    v378([ADD_COLUMNS])
    v384([GAWK])
    v381(( ))
    end
    v410([MULTIQC])
    v6(( ))
    v407(( ))
    v408(( ))
    v409(( ))
    v414(( ))
    end
    end
    v1 --> v3
    v1 --> v8
    v2 --> v3
    v3 --> v5
    v3 --> v4
    v3 --> v6
    v3 --> v8
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    v19 --> v8
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    v20 --> v12
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    v125 --> v6
    v125 --> v128
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