flowchart TB
subgraph " "
v1["Channel.of"]
v2["Channel.of"]
v11["channel.fromSamplesheet"]
v19["channel.fromSamplesheet"]
v20["channel.fromSamplesheet"]
v23["channel.fromSamplesheet"]
v24["Channel.of"]
v25["Channel.of"]
v44["qname"]
v74["qname"]
v129["regions"]
v130["targets"]
v131["samples"]
v138["bed"]
v149["regions"]
v150["targets"]
v151["samples"]
v160["regions"]
v161["targets"]
v162["samples"]
v177["regions"]
v178["targets"]
v179["samples"]
v182["program_file"]
v189["Channel.of"]
v191["Channel.of"]
v193["Channel.of"]
v261["model"]
v275[" "]
v276[" "]
v288["Channel.of"]
v326["save_mpileup"]
v332["Channel.of"]
v357[" "]
v358["min_val_gl"]
v359["min_val_dp"]
v383["program_file"]
v393["Channel.of"]
v396["Channel.fromPath"]
v399["ch_workflow_summary"]
v403["ch_methods_description"]
end
subgraph PIPELINE_INITIALISATION
v3([SAMTOOLS_FAIDX])
v8(( ))
end
subgraph " "
v16["files_ext"]
v26["ch_genotype"]
v184["posfile"]
v257["chunks_glimpse1"]
v267["chunks_glimpse2"]
v300["ch_impute_output"]
v385["stats"]
v415["multiqc_report"]
end
subgraph NFCORE_PHASEIMPUTE
subgraph PHASEIMPUTE
subgraph BAM_REGION
v45([SAMTOOLS_VIEW])
v53([SAMTOOLS_INDEX])
end
subgraph BAM_DOWNSAMPLE
v64([SAMTOOLS_COVERAGE])
v75([SAMTOOLS_VIEW])
v83([SAMTOOLS_INDEX_1])
v92([SAMTOOLS_MERGE])
v97([SAMTOOLS_INDEX_2])
v58(( ))
v88(( ))
end
subgraph VCF_CHR_CHECK
v108([VCFCHRBFR])
v107(( ))
end
subgraph VCF_NORMALIZE_BCFTOOLS
v123([BCFTOOLS_NORM])
v125([BCFTOOLS_INDEX_1])
v132([BCFTOOLS_DEL_MLT_ALL])
v134([BCFTOOLS_INDEX_2])
v139([BCFTOOLS_CONVERT])
v128(( ))
end
subgraph VCF_SITES_EXTRACT_BCFTOOLS
v152([BCFTOOLS_VIEW])
v155([BCFTOOLS_INDEX])
v163([BCFTOOLS_QUERY])
v166([TABIX_BGZIP])
v170([TABIX_TABIX])
end
subgraph PREPARE_POSFILE_TSV
v180([BCFTOOLS_QUERY])
v183([GAWK])
end
subgraph VCF_PHASE_PANEL
subgraph VCF_PHASE_SHAPEIT5
v201([BEDTOOLS_MAKEWINDOWS])
v210([SHAPEIT5_PHASECOMMON])
v213([VCF_BCFTOOLS_INDEX_1])
v223([SHAPEIT5_LIGATE])
v226([VCF_BCFTOOLS_INDEX_2])
v190(( ))
v192(( ))
v194(( ))
v206(( ))
end
end
subgraph CONCAT_PANEL
v240([BCFTOOLS_CONCAT])
v243([BCFTOOLS_INDEX])
end
subgraph VCF_CHUNK_GLIMPSE
v251([GLIMPSE_CHUNK])
v262([GLIMPSE2_CHUNK])
v255(( ))
v265(( ))
end
subgraph BAM_IMPUTE_QUILT
v277([QUILT_QUILT])
v283([BCFTOOLS_INDEX_1])
v290([BCFTOOLS_ANNOTATE])
v293([BCFTOOLS_INDEX_2])
v102(( ))
v287(( ))
end
subgraph CONCAT_QUILT
v304([BCFTOOLS_CONCAT])
v307([BCFTOOLS_INDEX])
v297(( ))
end
subgraph GL_TRUTH
v327([BCFTOOLS_MPILEUP])
v334([BCFTOOLS_ANNOTATE])
v337([BCFTOOLS_INDEX])
v12(( ))
v331(( ))
end
subgraph VCF_CONCORDANCE_GLIMPSE2
v360([GLIMPSE2_CONCORDANCE])
v375([GUNZIP])
v378([ADD_COLUMNS])
v384([GAWK])
v381(( ))
end
v410([MULTIQC])
v6(( ))
v407(( ))
v408(( ))
v409(( ))
v414(( ))
end
end
v1 --> v3
v1 --> v8
v2 --> v3
v3 --> v6
v3 --> v8
v11 --> v12
v12 --> v16
v19 --> v8
v19 --> v107
v20 --> v12
v23 --> v12
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v45 --> v6
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v64 --> v58
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v58 --> v75
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v75 --> v6
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v88 --> v92
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v97 --> v6
v97 --> v102
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v108 --> v6
v108 --> v8
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v123 --> v125
v123 --> v6
v123 --> v128
v125 --> v6
v125 --> v128
v129 --> v132
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v132 --> v6
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v134 --> v6
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v139 --> v6
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v152 --> v6
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v163 --> v6
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v166 --> v6
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v410 --> v414
v414 --> v415